La Dirección de Lingüística, encargada, en general, de la investigación de las lenguas naturales y, en particular, de la investigación, rescate y difusión del patrimonio lingüístico nacional por parte del INAH, nació como una Sección del Museo Nacional de Antropología en 1968. En aquel tiempo, tenía como uno de sus propósitos el de reunir materiales relacionados con las diversas lenguas habladas en el país, que habrían de servir para enriquecer las exposiciones del museo. Tres investigadores se hacían cargo de estas tareas: Leonardo Manrique Castañeda, María Cristina Álvarez Lomelí y Roberto Escalante Hernández.
Dos años después, en 1970, con la casi natural extensión de las actividades de la sección hacia la investigación de las lenguas en general, se creó el Departamento de Lingüística, ya con estructura y alcances independientes. Fue entonces cuando se incorporaron otros investigadores: Roberto Bruce, Evangelina Arana Osnaya, Manuel Alvarado Guinchard, Benjamín Pérez González y Jesús Muñoz.
Finalmente, en el año de 1988, el departamento pasó a ser actual Dirección de Lingüística, cuyos 22 investigadores, en colaboración con los 20 lingüistas adscritos a las escuelas y centros regionales del INAH, trabajan en los diferentes campos por los que transita las lingüística mexicana contemporánea: desde la fonología, la morfología, la sintaxis, la semántica, la lexicografía y la sociolingüística , hasta la tipología, el desarrollo de métodos para el aprendizaje de lenguajes, la creación de materiales educativos y la documentación en diversos soportes de las lenguas nacionales.
Desde su nacimiento y a lo largo de sus 50 años, la Dirección de Lingüística del INAH se ha nutrido y, simultáneamente, ha acrecentado el caudal de una corriente de estudios lingüísticos en México que, aunque se enfocan en las lenguas naturales no pierden de vista a las comunidades que las hablan y. con ellas, a su historia, su cultura y el entorno del que forman parte. La lingüística en el INAH integra la historia, la arqueología, las disciplinas antropológicas, la estadística, la medicina y demás campos del conocimiento para ayudarnos a entender los fascinantes fenómenos de la comunicación, el lenguaje y el pensamiento humanos.